मिशन कर्मयोगी के तहत कार्यक्रम के उद्देश्यों को प्रभावी ढंग से पूरा करने के लिए एक व्यापक संस्थागत ढांचा तैयार किया गया है। विशेष प्रयोजन वाहन (एस. पी. वी.), कर्मयोगी भारत आई. जी. ओ. टी. कर्मयोगी मंच को संचालित करने, इसके समग्र शासन का प्रबंधन करने और यह सुनिश्चित करने के उद्देश्य से संस्थागत ढांचे का एक प्रमुख स्तंभ है कि यह सिविल सेवा अधिकारियों के लिए उनकी समग्र क्षमता को बढ़ाने के लिए किसी भी समय, कहीं भी, किसी भी उपकरण की शिक्षा के उद्देश्य को पूरा करता है। एस. पी. वी. को कंपनी अधिनियम, 2013 की धारा 8 के तहत कर्मयोगी भारत के नाम से 31.01.2022 पर एक 100% सरकारी स्वामित्व वाली गैर-लाभकारी कंपनी के रूप में शामिल किया गया है। यह संगठन आई. जी. ओ. टी. कर्मयोगी प्लेटफॉर्म और कार्यक्रम से संबंधित किसी भी अन्य डिजिटल संपत्ति के संचालन के लिए जिम्मेदार होगा। यह डिजिटल परिसंपत्तियों के स्वामित्व, प्रबंधन, रखरखाव और सुधार के लिए जिम्मेदार होगा, यानी आई. जी. ओ. टी.-कर्मयोगी (एकीकृत सरकारी ऑनलाइन प्रशिक्षण) डिजिटल/ई-लर्निंग प्लेटफॉर्म, जिसमें वार्षिक सदस्यता-आधारित राजस्व मॉडल के साथ सरकार की ओर से सभी सॉफ्टवेयर, सामग्री, प्रक्रिया आदि का आई. पी. आर. शामिल है।